仪器校准由质量分离部件出来的离子，在离子检测器中进行。其原理是接收离子后变成电流，或者溅射出二次电子且逐级被加速倍增后成为电信号输出。一般有法拉第筒、电子倍增检测器和后加速式倍增检测器等。

法们第筒实际是加有一定电压的金属筒（或盒）。分析器来的离子通过狭缝进入法拉第筒，并在高阻R上产生电压，电压信号再经放大器放大。

电子倍增器也用于有机质谱仪、气体质谱仪和具有电测装置的火花源双聚质谱仪中，作为离子接收器。

大多数电子倍增器有12-20个电极，通过一个电阻分压器相互连接。从分析器射出的离子束打在极上，极称为转换极。这种轰击会引起一些慢电子发射（每个正离子大约产生1——2个电子），而这些电子本身又被加速射向第二电极，这种轰击又会再次产生电子发射。在电子倍增器的每一极都重复这一过程，后一极接放大器。

为了保证离子在离子源中及分析系统中没有不必要的粒子碰撞、散射效应、离子-分子反应和复合效应，减少本底和记忆效应，质谱仪的进样系统、离子源、质量分离部件和检测器都要保持一定的真空度。